Байгалийн түүхийн музейн барилга ашиглалтын хугацаа дууссан гэсэн шалтгаанаар 2013 онд Мэргэжлийн хяналтын газрын дүгнэлтээр тухайн оны зургадугаар сард үйл ажиллагааг зогсоосон билээ. Түүнээс хойш тус барилгын үүдийг цоожилж, ямар ч засварын ажил хийгээгүй тул шүүхээс Байгалийн түүхийн музейг нураах шийдвэр гарч, өнгөрсөн долоо хоногт нурааж эхэлсэн. Байгалийн түүхийн музей Улаанбаатар хотын 50 орчим жилийн түүхийг, дахин давтагдашгүй ур хийцийг хадгалж байгаа газар юм. 17 жилийн турш музейн захирлын алба хашсан Н.Зоригбаатар жил бүр урсгал зардлын төсвөөр улсаас 200­-400 сая төгрөг авдаг байсан. Тодруулбал, 2016 онд 240 сая төгрөг, 2017 онд 300 сая төгрөг, 2018 онд 350 сая төгрөг авсан ч барилгад ямар ч засвар хийгээгүй төдийгүй үйл ажиллагааг нь зогсоосон юм. Засгийн газрын 2019 оны долдугаар сарын 03-ны өдрийн 280 дугаар тогтоолоор суурин дээр нь 53 тэрбум төгрөгөөр "Чингис хаан”-ы музей байгуулах шийдэлд хүрсэн. 

Тогтоолын 2.3. Байгалийн түүхийн музейн хуучин барилгыг буулгаж, тухайн газарт "Чингис хаан" музейн барилгын зураг төслийг боловсруулан барих, шаардагдах хөрөнгийн эх үүсвэрийг Монгол Улсын 2020 оны төсвийн төсөлд тусгуулна гэж заажээ. Уг музейг нураахыг олон хүмүүс эсэргүүцэн тэмцэл зарласан ч үр дүнд хүрсэнгүй ийнхүү музейг нурааж эхэллээ.  

 

Байгалийн түүхийн музей нь 1924 онд "Үндэсний Музей" хэмээх нэртэйгээр анх байгуулагдаж, 1930 онд одоогийн байршилдаа нүүж ирсэн байна. Монгол орны газарзүй, геологи ашигт малтмал, ургамал-амьтны аймаг, палеонтологийн олдвор, хүн судлалтай холбоотой 6000 орчим үзмэртэй аж.